Το «Β΄  Γυμνάσιον Ρεθύμνου» ιδρύεται το 1955 με το Βασιλικό Διάταγμα που εκδόθηκε στις 4-10-55 και δημοσιεύτηκε στις 8-10-1955 στο υπ’  αρ. 282 τεύχος Α΄ ΦΕΚ  το οποίο αφορά τη διαίρεση του Γυμνασίου Αρρένων Ρεθύμνης σε Αον και Βον   οχτατάξιον Γυμνάσιον Αρρένων Ρεθύμνης. Η 1η Πράξη του Συλλόγου των Καθηγητών καταγράφεται στις 13-12-1955. Ο Σύλλογος αποτελείται από το Γυμνασιάρχη κ. Πλαγιαννάκο Παναγιώτη και τους καθηγητές κ.κ. Παυλάκι Σπ., Μανουσάκι Εμμ., Παπαδογιαννάκι Εμμ., Φωτόπουλο Περικλ., Δρανδάκη Νικ., Παπαδάκη Πέτρο, Δαφέρμο Δημ., Μαθιουδάκη Γεωργ., Ξεξάκη Κων., Τσουδερό Ιωαν., Τουρνάκι Στ.

Ως «εξατάξιον Β΄ Γυμνάσιον Αρρένων Ρεθύμνης» λειτουργεί από το σχολικό έτος 1958-59 ως το σχολικό έτος 1963-64.

Στη συνέχεια, από το σχολικό έτος 1964-65 μέχρι το 1966-67 λειτουργεί ως «τριτάξιον Β΄ Λύκειον Αρρένων Ρεθύμνης» (Ν.Δ 4379/1964).

Από το σχολ. έτος 1967-68 μέχρι το 1975-76 λειτουργεί ως «εξατάξιο Β΄ Γυμνάσιον Αρρένων Ρεθύμνου» (Ν.Δ 129/1967).

Ως «Β΄ Λύκειον Αρρένων Ρεθύμνου» ιδρύεται το 1976 με την Υπουργική Απόφαση Φ. 220, 11-4-76  759 14-8-76 που δημοσιεύεται στο ΦΕΚ 1158 Τ. Β΄/20-9-76.

Από το σχολ. έτος 1978-79 ως το 1997-98 λειτουργεί ως μικτό «Β΄ Λύκειον Ρεθύμνης».

Τέλος, ονομάζεται «2ο Ενιαίο Λύκειο» με το Ν.2525 που δημοσιεύεται στο ΦΕΚ 188/23-9-97. Με το όνομα αυτό λειτουργεί ως το 2005-06.

Από το σχολ. έτος 2006-07 ως σήμερα ονομάζεται «2ο Γενικό Λύκειο Ρεθύμνου».

Μέχρι το 1979 το σχολείο μας συστεγαζόταν με το Α΄ Λύκειο Ρεθύμνου. Από το 1979 μεταστεγάστηκε σε δικό του κτηριακό συγκρότημα μαζί με το 2ο Γυμνάσιο Ρεθύμνου στο τέρμα της οδού Ασκούτση.

Από τη σχολική χρονιά 2011-2012 το 2ο Γενικό Λύκειο Ρεθύμνου φέρει το όνομα «Παντελής Πρεβελάκης» στη μνήμη του σπουδαίου λειτουργού της παιδείας, του πνεύματος και των γραμμάτων. Ο Παντελής Πρεβελάκης ήταν ένας βαθύτατα καλλιεργημένος άνθρωπος και πολύμορφη προσωπικότητα, ακολούθησε μια πνευματική πορεία με ενότητα και συνέπεια. Καλλιέργησε όλα τα είδη του έντεχνου λόγου: ποίηση, μυθιστόρημα, θέατρο, δοκίμιο, έκανε μεταφράσεις. Κύριος άξονας της δημιουργίας του είναι η Κρήτη, όπου επιστρέφει πάντα νοερά με τις ανεξάλειπτες παιδικές και εφηβικές αναμνήσεις του. Οι αξίες στις οποίες πιστεύει κορυφώνονται μέσα στο Β? Παγκόσμιο Πόλεμο, όταν η Κρήτη ξαναζεί το έπος του Αρκαδίου. Η «Παντέρμη Κρήτη» 1945 και η τριλογία του «Κρητικού», ( «Το δέντρο» 1948, «Η πρώτη λευτεριά» 1949 και «Η Πολιτεία» 1950) δίνουν με σαφήνεια και πληρότητα την ιδεολογία του.